En Los ríos profundos se trata por primera vez en la literatura latinoamericana la figura del indio y sus problemas desde una perspectiva cercana y realista. Narra el paso a la edad adulta de un chico de catorce años que descubre las injusticias presentes en el mundo y elige su camino.

El relato recorre la geografía del sur de Perú en un viaje itinerante que le lleva a él y a su padre en busca de una vida nueva. En Abancay ingresa en un internado donde pasa a formar parte de un microcosmos que refleja cómo es la sociedad peruana y cuáles son las normas que imperan, su crueldad y su violencia. Fuera del colegio, los conflictos sociales forzarán su toma de conciencia.

La crítica ha dicho: «Desde la primera vez que leí Los ríos profundos he conservado la impresión que dejan esos coágulos que iluminan la historia con una luz de incendio. Minúsculos cráteres que crepitan aquí y allá en la superficie de la novela, crean un sistema circulatorio de tensiones y vivencias que enriquecen su belleza con un incontenible flujo de vida». Mario Vargas Llosa « Los ríos profundos evoca y sublima una realidad que Arguedas conoció mejor que nadie —y conocer mejor que nadie, en literatura, siempre ha significado conocer como niño—: los indios, los mestizos, no como estampas de propaganda, o como caricaturas políticas, sino como entrañables entidades individuales. Una novela que deja en la memoria una pátina de nostalgia no puede ser sino una novela de las de veras». Sergio Ramírez «Todo es verdadero en Los ríos profundos. La sencillez y la potencia de sus frases, las descripciones de sus personajes y de sus paisajes, el manejo de los diálogos, las confesiones del protagonista surgen de una voz íntima y a la vez objetiva. [...]Es una de las grandes novelas en lengua castellana del siglo pasado». Alonso Cueto